Uprava za otoke obavljat će upravne i stručne poslove vezane uz održivi razvoj hrvatskih otoka, kao što su oblikovanje i predlaganje razvojne politike zajedničkog razvoja otoka, predlaganje i uspostavljanje cjelovitog sustava planiranja, programiranja, upravljanja i financiranja održivog razvoja otoka, zatim koordinacija korištenja ESI fondova u financijskom razdoblju 2014.-2020. te ostalih međunarodnih financijskih mehanizama i drugih programa pomoći koji su dostupni Republici Hrvatskoj prema bilateralnim i međunarodnim ugovorima, za područje otoka.
Osim toga, Uprava će se baviti i sudjelovanjem u izradi višegodišnjih programskih dokumenta kao osnovnih uvjeta za korištenje ESI fondova u financijskoj perspektivi 2021.-2028., osmišljavanjem razvojnih mjera za očuvanje identiteta hrvatskih otoka u skladu s politikama Europske unije.
